· 导 读
感染性疾病是临床常见病、多发病，严重威胁人类健康。尽早识别病原体并启动精准抗感染，是提高感染性疾病患者预后的关键。然而，传统病原学检查方法暴露出周期长、阳性率低、一次检查仅能识别有限的病原体等缺陷，为感染性疾病的精准诊疗带来巨大挑战。相比之下，宏基因组下一代测序(mNGS)不依赖于培养和临床预判，可快速、准确、无偏地检测样本中多种类型病原体，在揭示传统手段难检出的病原体以及罕见、新发病原体方面具有独到的优势。mNGS已被广泛引入感染性疾病诊断的临床实践，在促进临床抗感染治疗的合理化、规范化方面发挥了重要的作用。
本期推文整理了探因医学深度参与、并于近期公开发表于BMC Infectious Diseases、Frontiers in Neurology等高质量SCI期刊的病例报告，以帮助大家更好地理解mNGS在感染性疾病诊疗中的应用。
病例一 | mNGS助力产气克雷伯菌腰椎感染的诊断
2021年7月，上海市杨浦区中心医院联手探因医学在BMC Infectious Diseases期刊发表病例报告。杨浦区中心医院急诊医学科叶宥文教授、顾华杰教授分别任通讯作者和第一作者，探因医学蔡青青、曹雪杰为共同作者。
病例简介：本文报告了1例由产气克雷伯菌引起腰椎感染的病例。因患者年龄较大、无明显腰部感染症状以及无产气克雷伯菌脊柱感染相关经验等问题，本病例确认感染病灶及治疗过程十分复杂。根据临床症状、实验室检查结果、血培养及粪便培养结果，似乎可考虑为腹腔感染并发血流感染，但据此给予抗感染治疗后患者病情仍反复。最终，结合腰椎MRI、血培养以及mNGS检测结果才确诊为产气克雷伯菌引起的腰椎感染。
病例小结：本病例提示：1) 在治疗老年腰椎退行性疾病时(尤其对于免疫抑制患者)，应充分考虑脊柱细菌感染的可能性，并将罕见的脊柱病原体(如产气克雷伯菌)纳入诊断范围；2) 对于血培养阳性患者，应寻根溯源，找到真正的原发病灶，并做到及时有效地清除；3) mNGS在培养阴性的感染患者中可发挥重要作用。
病例二 | mNGS诊断无乳链球菌感染性心内膜炎
2022年7月，上海市第六人民医院联手探因医学于Medicine期刊发表病例报告。上海市第六人民医院心血管外科励峰教授担任通讯作者、王若昕教授担任第一作者，探因医学曹雪杰为共同作者。
病例简介：患者首发症状为昏迷、大小便失禁，入院前无心脏病或感染性疾病病史。根据临床表现、影像学及实验室检查结果，临床高度怀疑感染性心内膜炎(IE)。患者病情进展迅速，经验性抗感染效果不佳且多次血培养阴性。在此情况下，临床取患者血标本送检mNGS，并于次日获得检测结果，提示无乳链球菌感染。结合患者临床表现，予以靶向抗生素治疗并顺利完成了二尖瓣置换术。对术中取出的二尖瓣赘生物进行mNGS检测，同样检出无乳链球菌特异性序列，至此确诊为无乳链球菌导致的IE。在足疗程的抗生素治疗后，患者恢复良好并顺利出院。
病例小结：本病例表明，mNGS具有快速、敏感、准确的优势，在IE患者(尤其是血培养阴性患者)的病原体检测中可发挥重要作用。本病例还表明，血标本和心脏瓣膜标本的培养与mNGS联用可以提高IE诊断效率。
病例三 | 糖尿病酮症酸中毒合并鼻眶脑毛霉菌病1例报告并文献复习
2022年5月，苏州大学附属第一医院联合探因医学在Frontiers in Neurology期刊发文。苏州大学第一附属医院神经内科方琪教授、王达鹏教授担任通讯作者、董楠博士担任第一作者，探因医学王亚娟为共同作者。
病例简介：患者因“右上睑下垂、肿胀、疼痛5天，发热4天” 入院，既往有糖尿病且控制不佳。根据临床表现、影像学及实验室检查结果，将病变定位于右侧眶尖部和右脑干。由于病情进展迅速，且不排除感染性病因，临床及时取患者血液和脑脊液标本送检mNGS。次日，两种标本mNGS均检出少根根霉特异性序列，并获得了qPCR的验证。结合患者临床表现，确诊为鼻眶脑毛霉菌病(ROCM)并及时给予患者靶向抗感染治疗。为提供更多参考信息，作者从流行病学、非特异性临床表现、诊断研究进展以及治疗难点等多角度讨论了导致ROCM高死亡率的挑战性障碍。
病例小结：mNGS是一种非侵入性的快速病原体检测技术，与培养等传统诊断方法相比，其敏感性更高、病原体谱更广、受抗生素暴露的影响较小。从本病例中可以看出，mNGS在毛霉菌等侵袭性真菌感染的诊断中作用重大。此外，眶尖综合征(OAS)可能是毛霉菌病的首发症状，临床医生应对糖尿病或免疫受损的OAS病例保持高度怀疑，建议对此类患者进行mNGS检测和及时的抗真菌治疗。
病例四 | mNGS快速诊断新生儿微小脲原体脑膜炎
2022年1月，宁波市妇女儿童医院联手探因医学于Medicine期刊发表病例报告。宁波市妇女儿童医院新生儿重症监护病房吕勤教授担任通讯作者，探因医学曹雪杰为共同作者。
病例简介：一名足月、自然分娩的男婴被诊断为新生儿化脓性脑膜炎，出生后9天体温峰值达38.3°C。血培养、脑脊液培养、尿培养以及镜检、呼吸道13项病原菌核酸检测结果均呈阴性。予美罗培南和万古霉素经验性抗感染5天后，症状未缓解。随后，通过脑脊液mNGS检出12条微小脲原体(UP)特异性序列，并获得了qPCR的验证。结合临床表现以及mNGS与影像学等检查结果确诊为脲原体脑膜炎，并及时更换阿奇霉素进行靶向治疗。出生后24天，成功完成开颅血肿清除术。术后继续进行头颅B超检测以及抗感染治疗。5周后检查发现患儿恢复良好并出院，继续随访未见异常。
病例小结：UP脑膜炎的临床表现不典型，难以通过常规方法明确诊断。mNGS克服了常规病原学检查方法的局限性，在发现临床特征不典型病原体、识别罕见和新发病原体等方面具有重大优势。本病例提示，当常规病原学检查为阴性、但经验性治疗效果不佳或患者病情危重时，mNGS是及时准确鉴定病原体的好选择。
原文下载链接【提取码 xg16】：探因医学合作文章-case report-2022-1
探渊寻隐 识原明因
