· 摘 要

本研究纳入31名血液系统恶性肿瘤(HM)患者或干细胞移植(SCT)受者进行mNGS检测，受试者具有持续发烧但常规检查阴性、常规检查呈阳性并接受抗生素治疗后仍持续发烧、或不发烧但影像学提示感染的特点。依据宏基因组二代测序(mNGS)结果，近59%患者的抗生素治疗方案发生调整(9例升阶梯、10例降阶梯调整)。mNGS检测临床感染的敏感性和特异性分别为80%和58%，检出了如诺卡菌、军团菌、弓形虫和耶氏肺孢子菌等罕见或常规方法难以诊断的病原。

总之，cfDNA mNGS是检测HM或SCT患者感染的快速、有效方法，该方法可以指导临床靶向抗生素治疗，有助于避免过度治疗、可能减少患者住院时间。

· 引 言

感染是血液系统恶性肿瘤(HM)和造血干细胞移植受者(SCT)发病和死亡的主要原因。研究表明，10%-25%的发热性中性粒细胞减少症患者会出现菌血症，这很难通过传统血培养等技术进行诊断。尽管有真菌感染的预防措施，侵袭性真菌感染仍会增加患者的发病率和死亡率，这种情况通常需要进行组织活检，在异基因SCT患者或接受强化化疗患者的诊断中具有挑战性。病毒再激活可导致免疫缺陷患者发病率和死亡率显著上升，其诊断同样具有重大挑战。

此外，苛养菌、分枝杆菌和双相真菌的培养期更长，且血培养对这些微生物的敏感性相对较低。目前血液和其他液体培养等常规检测方法受到敏感性、微生物生长时间等因素的限制。侵入性检查(如支气管镜联合支气管肺泡灌洗或胸腔穿刺)会导致严重并发症，引起非感染性发烧。通过快速、可靠的检测方法来区分非感染性发烧和发烧的感染性原因，有助于避免抗生素过度治疗和不必要的伤害。

微生物cfDNA mNGS技术能快速、全面的检测病原体，与传统检测方法相比，该技术在免疫缺陷患者中的敏感度更高。本研究回顾性地评估了cfDNA mNGS结果及其对临床决策的影响。

· 研 究 方 法

· 研 究 结 果

| 患者特征

表1：患者 (NGS) 受试者特征数据

mNGS结果提示：A）耶氏肺孢子菌 (P. jirovecii) 感染，B）菲氏军团菌 (L. feeleii) 感染

| 二代测序

表2展示了mNGS检测结果以及检出病原体的临床相关性。结果表明，mNGS的敏感性为80%(16/20)、特异性为58%(7/12)。在21例mNGS阳性结果中，16例(76%)与临床数据相符，确定了患者的感染，而常规检查仅确定了8例(占总数的25%)。在11例mNGS阴性结果中，有4例常规检查提供了临床相关病原体的信息，这些被认为是mNGS产生的假阴性结果。

表2：mNGS检测结果与临床数据相关性

| 抗菌管理

整体看来，28% (9/32)的患者在利用mNGS检测到常规检查遗漏的临床相关病原体后做出了抗菌药物升阶梯调整。31% (10/32)的患者做出抗菌药物降阶梯调整，其中7名患者的降阶梯调整是因为mNGS结果阴性或与临床无关 (表2-表3)；2名患者是因为通过mNGS确认了与临床相关的病原体，从而缩小了抗菌范围；另1例患者的mNGS结果与临床表现不一致，进行抗菌药物降阶梯调整。

表3：基于NGS结果的抗菌干预

mNGS在识别机会性感染和苛养菌方面至关重要。例如，mNGS提示1例异基因SCT的受者和1例正接受化疗的淋巴瘤患者发生弓形虫感染；提示异基因SCT受者发生诺卡菌感染、耶氏肺孢子菌感染；提示1例异基因SCT受者的军团菌感染，该患者常规检查结果阴性、无发烧症状但影像学提示感染；在另一位影像学显示肺部浸润的患者中，mNGS比常规肺泡灌洗液分析更早发现了诺卡菌感染。

此外，本研究还通过mNGS鉴定出了CMV、EBV等病毒。但是，在一些病例中，临床医生不会以外周血病毒DNA拷贝数水平作为开始治疗的依据。例如，在一个mNGS检测到EBV的病例中，患者合并耶氏肺孢子菌感染，与其临床表现相符，当靶向治疗耶氏肺孢子菌时， EBV载量也在没做任何针对性干预的情况下下降。

· 总 结

本研究使用cfDNA mNGS对免疫缺陷恶性血液病患者感染情况做出评估，依据mNGS结果，近60%患者接受了抗感染方案的调整。本研究针对经验性抗菌治疗后持续发烧、或常规检查阴性但影像学提示感染的患者进行mNGS检测，主要研究结果包括：

① mNGS在免疫缺陷患者感染的诊疗中作用重大，能帮助临床靶向治疗，避免过度治疗和侵入性检查；② 与常规病原检查方法相比，mNGS速度更快、敏感性(80%)更高，即使是阴性结果也可以在一定程度上排除感染，可作为调整治疗方案的重要依据；③ mNGS可快速、全面地鉴定苛养菌或血培养、PCR、血清检查等常规方法难以检出的病原体，如诺卡菌、弓形虫、军团菌、耶氏肺孢子菌等；④ mNGS也存在一定的局限，如特异性较低、存在一定的假阳性率，因此，需要与临床表现和高度怀疑的、可能会发生感染的原因相结合，精准解读mNGS结果

综上， 利用mNGS快速鉴定免疫功能严重受损患者的机会性病原体，有利于临床更好的治疗致命感染。mNGS具有快速、敏感性高等特点，可更好的指导抗菌管理与靶向治疗，有利于防止过度治疗并减少住院时间。

· 原 文 链 接

Impact of Next-Generation Sequencing Cell-free Pathogen DNA Test on Antimicrobial Management in Adults with Hematological Malignancies and Transplant Recipients with Suspected Infections

注：文章封面来源于网络，侵删