2020年11月16日，“第三届重症医学浦江论坛暨第四届全国重症消化学术会议—病原宏基因组测序技术临床应用与实践探因医学线上研讨会”通过网络直播的形式成功举办。会议邀请了上海交通大学医学院附属瑞金医院重症医学科主任陈德昌、复旦大学附属中山医院重症医学科主任诸杜明等国内重症医学领域的知名专家和学者。会议以“病原宏基因组测序技术临床应用与实践”为主题，旨在探讨及推进mNGS新技术在临床感染性疾病精准诊疗方面的作用，从而全面提高感染性疾病的诊断水平。

陈德昌主任作为本次会议的名誉主席，做了开场致辞，他讲到：宏基因组二代测序作为一项新技术，近年来发展较快，有着巨大的临床价值。传统的微生物培养技术如培养、镜检、质谱技术所需时间长，而宏基因组测序技术具有比传统病原微生物检测技术更强大的效能，使得重症病人能够得到精准的诊断和治疗。但是宏基因组二代测序仍存在不足，比如存在假阳性等问题，由于人体本身存在细菌，如何准确判断出致病菌仍存在一些困难。希望能通过此次会议，对于宏基因组二代测序技术在临床上的应用得到更加合理的开展，帮助临床进行感染性疾病的诊断。

会议主席 复旦大学附属中山医院 重症医学科主任诸杜明

演讲环节

南方医科大学南方医院呼吸与危重症医学科副主任刘来昱带来了主题为“再谈mNGS在呼吸重症感染中的应用”的演讲，他介绍了mNGS临床应用现状，与传统检测方法相比，mNGS技术表现出了无偏好性检测、能够发现新发或罕见病原体、检测周期短等显著优势。但同时也存在一定局限性，例如存在需要排除人源宿主干扰、提高胞内菌/真菌检出率、检测费用高等问题。此外，还介绍了mNGS技术优化的思路。刘来昱教授提到，人源宿主数据的干扰会降低检测的灵敏度，可以通过数据分析去除人源基因组数据、实验阶段去宿主核酸来提高微生物核酸含量、增加测序量来提高微生物数据含量这三个方面来提升检测灵敏度。另外，通过优化去宿主和破壁技术，也可以有效提高微生物的检出。最后他通过案例分析介绍了mNGS技术在重症呼吸感染中的应用。

复旦大学附属中山医院感染病科主治医师缪青带来了主题为“病原宏基因技术解读分享“的报告。她重点介绍了mNGS检测报告的解读策略，列举了报告中涉及的主要参数，其中比较关注的有覆盖度、深度和种的相对丰度，种的严格比对序列数。她指出，覆盖度和种的相对丰度是比较客观的能够评价检测是否合理的重要指标。其次，缪老师针对报告解读常见的困惑及误区，给出了不同的解决方案。针对标本类型如何选择等问题，她也给出了专业建议，例如多种标本同时送样，积累临床数据进行对比分析，可提高阳性率。

四川省人民医院重症医学科主治医师潘灵爱带来了主题为“mNGS在器官移植中的应用”的报告，她提到：近年来器官移植手术发展快速，但是器官移植病人的长期生存率仍不理想，感染是重要的影响因素之一，免疫抑制和感染的关系已成为新时代的隐患。她通过不同的肾移植患者案例给我们展示了mNGS的临床应用。她强调，感染诊断时间是影响器官移植预后的主要因素，针对器官移植患者，mNGS可作为一项有效及时的辅助诊断的工具，但同时也需要结合临床医生对微生物学知识的理解和传统的病理及微生物技术，两者结合才能更好的为病人服务。最后她也通过案例分享和相关研究，指出临床决策和技术的进步使得宏基因组学技术能够协助指导免疫缺陷人群的早期治疗，降低感染的发病率和死亡率。

苏州大学附属第一医院副主任技师徐杰带来了主题为“NGS和传统微生物检测的临床与实践“的报告。他介绍了感染性疾病的现状和病原学检测的技术特点，以及传统微生物检测技术的优势和不足之处。同时列举了针对不同微生物感染，利用传统技术检测的局限性。另外他也详细讲解了mNGS病原检测技术及其在临床应用的特点和在病原检测中的效能。病原微生物诊断的未来趋势是mNGS与传统检测技术多种方法联合使用，并举例进行了说明，例如脓肿分枝杆菌，通过抗酸染色+mNGS；鼻脑毛霉病感染，可以通过涂片+培养+mNGS。

点评环节

上海交通大学医学院附属仁济医院 重症医学科主任皋源

二代测序技术在呼吸和重症领域应用越来越广泛，二代测序由于技术特点，相对于传统的常规微生物检测方法有很大的优势，它更适用于疑难、危重或者复杂的患者，但是在临床如何常规的开展需要有明确的界定，对于病情有明显进展的危重患者有必要进行二代测序。另外对于二代测序报告的解读，需要有比较好的解读能力和技巧。

华中科技大学同济医学院附属同济医院 光谷院区副院长祝伟

mNGS是一个新的技术，敏感性强，覆盖范围广。mNGS在提高检测敏感性的同时，如何能够更切合临床实际，靶向性更强一些。为了更准确的鉴别致病菌，首先是标本送检，要规避污染导致的假阳性发生，另外是多部位送检，这样阳性率和临床意义更大些；其次要考虑抗生素使用的影响。和传统微生物检测技术相比， mNGS虽然有优势但也有局限性，两者需协同作用来指导临床应用。宏基因二代测序更容易检测出病原菌耐药基因，指导药物使用，在治疗层面上给与临床医生更多指导。最后祝伟教授还提到质量控制问题，要保证标本转运过程中的稳定性，这样才能提供更准确的信息，得出更符合临床的结论，帮助医生进行致病菌的判断，以及抗感染药物的选择。

上海交通大学附属第六人民医院 重症医学科主任李颖川

二代测序是器官移植患者感染临床检测的有力工具，但是二代测序还不能完全取代传统微生物检测技术。二代测序可以检测出很多病原体，但是哪些数据可信度比较高，测序获得的序列有可能来源于历史感染的病原微生物，也有可能是正在引发感染的病原微生物，临床上如何去用好这些数据很重要。二代测序可以快速获得病原菌，来指导更精准的应用抗生素。另外也可以测得耐药基因，但是药敏结果还无法提供，医生只能根据临床经验来使用，所以二代测序和传统技术应该结合起来使用。

佛山市第一人民医院 重症医学科主任周立新

他强调，在紧急危重症情况下，明确病原体很重要。同时也结合两个案例说明了二代测序在临床的应用优势，但也有一定的局限性。二代测序和传统检测技术需要完美结合运用，这样才可以给予临床医生更多的指导，对于不断推动重症病原学检测有十分重要的意义。另外也提到目前国内大数据的解读及综合运用还是比较薄弱的，也希望将来通过更多算法将数据利用起来，给临床医生提供更多指导。

在会议的讨论环节，来自上海交通大学医学院附属瑞金医院重症医学科副主任刘娇、浙江医院平湖分院副院长许强宏、江苏大学附属昆山医院重症医学科主任刘龙、哈尔滨医科大学附属第一医院呼吸监护病房主任张薇、华中科技大学附属协和医院儿科重症监护病房副主任郑芳、广东省中医院急诊科主治医师闫春江，针对宏基因组二代测序报告解读要点与难点、如何看待 mNGS 检测结果与传统检测结果之间的差异、临床实践中可以通过哪些手段提高 mNGS 检测的可信度和临床意义等问题展开了热烈的讨论。专家们提到目前报告解读中最大的难点依然在于对于病原、定植菌、污染等的区分。另外，在进行mNGS时，样本的选择和样本质量控制是非常重要的，他们说到，与病灶越相关的样本和严格的无菌操作，得出的检测结果更有临床意义。

总结 

本次会议聚焦病原宏基因组检测技术在临床的应用与挑战，会议中演讲嘉宾的精彩分享，引发了与会专家们的热烈探讨。会议最后，诸杜明教授针对会议内容进行了总结，再次肯定了mNGS技术在临床的应用价值，但仍然需要和传统方法结合起来互相印证。